بررسی ژن های مرتبط با تنش سرما در گیاه بنفشه از طریق نمایش افتراقی

گیاه بنفشه گیاهی زینتی و متعلق به خانواده ویولاسه (violacea) است که دارای گونه های متعددی می باشد. یکی از مهمترین گونه های بنفشه، گونه ای با نامviola tricolor بوده که به دلیل تحمل بالا به سرما، در سراسر جهان از محبوبیت زیادی برخودار است. به منظور مطالعه الگوی بیان ژن در شرایط دما های پایین از برگ های این گیاه در دمای 25 درجه سانتیگراد به عنوان نمونه شاهد و دما های 5 ، صفر، 5- و 10- درجه سانتیگراد نمونه-برداری شد. با کمک روش نمایش افتراقی (differential display) به بررسی تفاوت بیان ژن ها پرداخته شد. استخراج rna از برگ های بنفشه برای هر پنج تیمار دمایی انجام شد. با کمک آنزیم رونویسی معکوس و با استفاده از سه آغازگر اولیگو (اولیگوdta، اولیگوdtc و اولیگو dtg)، ساخت رشته اول cdna انجام شد. در مرحله بعد از هشت آغازگر انتخابی با طول 13 نوکلئوتید استفاده گردید. آغازگر های مورد استفاده شامل hap25، hap26، hap27، hap28، hap29، hap30، hap31 و hap32 بودند که به همراه آغازگر های اولیگوی مورد استفاده در مرحله ساخت رشته اول cdna، در واکنش pcr جهت ساخت رشته دوم cdna به کار رفتند. جداسازی باندها روی ژل آگارز 3% انجام شد نتایج نشان داد که از میان سه آغازگر اولیگو، آغازگر اولیگو dtc بیشترین تعداد باند را تولید کرد. از میان آغازگر های انتخابی نیز آغازگر انتخابی hap30 برای مجموع سه آغازگر اولیگو، بیشترین تعداد باند را ایجاد کرد. چندین نمونه توالی یابی شدند که بعد از انجام کارهای بیوانفورماتیکی مشاهده شد که اکثر توالی ها شباهت معنی داری در پایگاه اطلاعاتی داده نشان نمی دهند که می توان آن ها را به عنوان توالی های جدید ثبت نمود و یکسری دیگر شباهت بالایی در پایگاه داده داشتند که یکی از آن ها توالی بوده است که بیشترین شباهت را با توالی های est گیاه سپیدار که در تنش خشکی دخیل هستند از خود نشان داده است. در پایان 6 توالی به نام های mhv6, mhv5, mhv4, mhv3, mhv2, mhv1 شناسایی ودر پایگاه اطلاعاتی داده est در قسمت ncbi گزارش وثبت شدند.